高碘酸钠在有机合成中主要有两种用途：被用作氧化剂和催化剂。由于溶解度的原因，高碘酸钠的氧化反应一般在水中进行。由于许多有机物不溶于水，因而需要使用助溶剂。当有相转移催化剂存在或者将高碘酸钠负载在惰性载体上使用时，氧化反应也可以在两相体系中进行。

　　高碘酸钠作为一般的氧化剂，可以把醇氧化成为相应的羰基化合物(式1和式2)[1,2]

　　高碘酸钠可以用于断裂邻位二醇化合物，并把其氧化为二羰基化合物(式3和式4)[3,4]

　　高碘酸钠甚至能够把C=C双键氧化断裂三亿体育官方网站，生成二羰基化合物(式5)[5]。它和0s04连用氧化稀烃的反应被称之为Lemieux-Johnson试剂（式6)[6]。它的还原产物可以通过高碘酸氧化后重新使用。

　　将硫化物选择性地氧化成为亚砜是一个非常重要的反应，因为亚砜是有机合成中非常重要的中间物。在0℃的甲醇溶液中，高碘酸钠可以方便地完成这类反应。使用高温或加入过量的髙碘酸钠，会将硫化物氧化成砜。当有酸性氧化铝或硅胶存在时，高碘酸钠可选择性地将硫化物氧化成亚砜（室温条件下可以得到很高的产率)(式7和式8)[7]。使用相转移催化剂，也有助于将硫化物选择性地氧化生成亚砜（式9)[8]。

　　此外，高碘酸钠可以作为一种廉价的催化剂用于芳基的磺酰化合成(式10)。该反应条件非常温和，具有产率高、反应时间短、和选择性好的优点。

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